Vũ Công Kỷ chết, con là Vũ Đức Cung lên thay. Cung được phong tước Hòa Thắng hầu.

Năm 1593, Trịnh Tùng tiến quân vào đánh chiếm Thăng Long, rước Lê Thế Tông trở về kinh thành, họ Mạc rút chạy lên phía bắc. Vũ Đức Cung đem 2.000 quân tới kinh đô quy phục, dâng vàng bạc và đồ quý. Trịnh Tùng thăng làm Bắc quân Đô đốc, Thái bảo Hòa quận công[7], được mang quân hiệu là An Bắc doanh. Cũng năm đó Vũ Đức Cung lại xin về trấn Đại Đồng.

Trở về Đại Đồng, Đức Cung có ý chống nhà Lê. Năm 1594, ông ngầm hai lòng cùng với Mỹ Thọ hầu (không rõ tên) đi lại quấy nhiễu các huyện đầu nguồn trấn Sơn Tây, đánh phá các huyện Thanh Ba, Hạ Hòa, lại dời dân các huyện Đông Lan, Tây Lan vào ở Đại Đồng. Trịnh Tùng sai Thái úy Nguyễn Hữu Liêu đi đánh bắt được Mỹ Thọ hầu. Đức Cung phải đem con em chạy đi Nghĩa Đô, sau đó lại sai người vào kinh dâng vàng bạc quy phục.[7]

Năm 1595, Vũ Đức Cung tự xưng là Long Bình vương, sai tướng đánh cướp các động ở châu Bạch Thông (Thái Nguyên), cướp lấy thuế của mỏ bạc. Trịnh Tùng lại phải sai quân đánh.

Vũ Đức Cung chết, con là Vũ Công Ứng lên thay. Vì dòng họ Vũ có nhiều công lao nên Vũ Công Ứng vẫn được tập phong là Thuần quận công[7].

Vũ Công Ứng (các sách chép tên có khác nhau: Đức, Sắc, Huệ, Sưa) được tập phong với Thái phó Tống quận công. Nhưng Công Ứng cậy sông núi hiểm trở, xa cách, ngầm liên kết với họ Mạc, tự xưng vương. Triều đình vua Lê, chúa Trịnh bận đối phó với chúa Nguyễn trong nam nên vẫn phải bao dung. Sau đó vì có việc bất bình với thủ hạ là Ma Phúc Trường, Vũ Công Ứng yếu thế, lo sợ về kinh tự thú. Dọc đường, Ứng bị giết. Con Ứng là Vũ Công Tuấn được phong Thái phó và được lập nối nghiệp cha, được ban cho dân lộc để giữ việc thờ cúng.[6]

Năm 1672, nhân lúc triều đình sơ hở, chúa Trịnh mang đại quân đi đánh chúa Nguyễn phía nam, Vũ Công Tuấn trốn về Tuyên Quang cướp bóc nhân dân. Tuấn câu kết với dòng dõi họ Mạc là Mạc Kính Vũ, tự xưng Tiểu Giao Cương Vương và chạy sang Vân Nam nhờ nhà Thanh giúp sức. Thổ ty phủ Khai Hóa (Vân Nam) nhà Thanh nhân dịp này chiếm đất cướp dân của Đại Việt, suốt thời Hậu Lê không đòi lại được.[8][9]

Năm 1689, Vũ Công Tuấn bị triều đình nhà Lê bắt và giết. Triều đình đặt chức Lưu thủ ở Tuyên Quang, từ đó dòng dõi "Chúa Bầu" chấm dứt. Dòng dõi họ Vũ là Vũ Công Đĩnh được triều đình cho lấy tiền ngoại phụ của 7 xã để tế tự giữ hương hỏa họ Vũ.[6]